Działania Rzeczniczki Praw i Wartości Akademickich są niezależne od struktur uniwersyteckich. Znajdujemy się w pionie Rektora UJ i podlegamy władzom uczelni w kwestiach budżetowych i administracyjnych.  

Komunikacja z biurem i Rzeczniczką jest poufna w dwie strony. Biuro i Rzeczniczka Praw i Wartości Akademickich nie archiwizuje szczegółowych informacji osobowych, które umożliwiają identyfikację tożsamości odwiedzających. Dane te i szczegóły zgłaszanych spraw nie są udostępnienie bez zgody zgłaszających.

Każdego roku mamy obowiązek sprawozdawczy, jednak obejmuje on zbiorcze dane przedstawiające stan naruszeń wartości i praw akademickich. Ich celem jest podsumowanie działalności Rzeczniczki i Biura, zidentyfikowanie obszarów problemowych, by wskazać ewentualne rekomendacje zmian systemowych.  

Wyjątkami od zasady zachowania poufności jest potencjalna możliwość zaistnienia bezpośredniego zagrożenia poważną krzywdą (np. zagrożenie życia ludzkiego) oraz świadome wyrażenie zgody przez osobą zgłaszającą na wszczęcie nieformalnego postępowania przez Biuro Rzeczniczki Praw i Wartości Akademickich.   

W podejmowanych sprawach Rzeczniczka Praw i Wartości Akademickich nie staje po jednej ze stron zaangażowanych w konflikt lub uniwersytetu. Jest rzeczniczką sprawiedliwego procesu rozwiązywania sporów. Rozpatrujemy interesy wszystkich stron zaangażowanych w konkretną sprawę, by wspierać ich w osiągnięciu wzajemnie akceptowlnych porozumień. Kontakt z Rzeczniczką jest dobrowolny i nie oznacza wszczęcia oficjalnych procedur uniwersyteckich.